La Seconda Guerra Mondiale naturalmente limita l'attività calcistica. Vengono sospesi i campionati di Serie C, e il Cagliari prende parte ai campionati di Prima Divisione Regionale. Sono partite poco significative dal punto di vista tecnico, ma importantissime sotto il profilo sociale: il calcio diventa latore di un breve sorriso, che serve a dimenticare per un attimo gli orrori del conflitto. E c'è la piccola soddisfazione di battere la Torres in casa sua...

Dopo un anno di sospensione in seguito ai bombardamenti, rinasce la passione sportiva, come segno che la vita va avanti. Il Cagliari viene ricostruito dal nulla, grazie all'opera infaticabile del Presidente Eugenio Camboni e del tesoriere Renzo Carro. Tra le tante difficoltà, basterà citare la bomba degli Alleati ha aperto una voragine gigantesca proprio al centro del campo di via Pola. I giocatori si rimboccano le maniche e piano piano rimettono a posto il terreno di gioco. Il campo di via Pola è di nuovo pronto ad ospitare un avvenimento sportivo.

Si mettono in luce, in quel primo dopoguerra, gli elementi del vivaio: Gorini, Grandesso, Farris e Ragazzo. Sono rimasti i senatori, come Schinardi, difensore energico, e l'eclettico Fercia.

Dopo la delusione del 1946-47, quando i rossoblu arrivano terzi alle spalle di Quartu e Carbosarda, il Cagliari partecipa al campionato di Serie B. Torna la leggenda Winkler in panchina, ma anche la sua esperienza non può porre rimedio ad una retrocessione scritta. Troppo deboli i rossoblu contro le squadre della penisola. La discesa prosegue in Serie C. Winkler preferisce lasciare. Il Cagliari, affidato ad Armando Latella, si salva nelle ultime battute.

La Società non naviga in buone acque. Incombe lo spettro del fallimento. A salvare la situazione, ecco il nuovo Presidente Domenico Loi, che porta nuova linfa ed entusiasmo. Prende le redini della squadra il direttore tecnico Manostary Kovacs, che affianca Latella in panchina. La coppia durerà poco: a metà campionato, insoddisfatto dei risultati, Loi li sostituisce rispettivamente con Tonino Fradelloni e Mariolino Congiu. Il 6° posto finale è deludente, rispetto ai programmi di partenza, ma è comunque incoraggiante per il futuro, in chiusura di un decennio difficilissimo e drammatico.